依托研究所建有国家家禽工程技术研究中心（上海）、国家防治动物血吸虫病专业实验室、农业部动物寄生虫学重点开放实验室和中国农业科学院兽药安全评价与兽药残留研究重点开放实验室，是中国农业科学院与上海市人民政府合作共建的上海国家动物医学研究中心的依托单位，是中国畜牧兽医学会兽医公共卫生学分会、农业部血防专家咨询委员会的挂靠单位。1981年研究所被国务院学位委员会批准为首批硕士学位培养点，1984年被批准为博士学位培养点，1999年建立博士后流动站，为国家培养高级农业科技专业人才。2013年10月正式加入中国农业科学院科技创新工程，经过两年建设目前共设立有动物血吸虫病研究、动物原虫病研究、猪病毒性繁殖障碍综合症研究、猪呼吸道传染病研究、水禽病毒性疾病研究、兽用抗感染药物研究、畜禽细菌性传染病研究、动物流感病原生态学研究、食源性病原生物学与食品安全研究、小型动物疫病研究十个研究方向。
研究所的主要研究领域是动物传染病、动物寄生虫病和兽用药物。目标是针对严重危害畜牧业生产的畜禽疫病和人畜共患病，开展前瞻性、关键性的预防控制技术及其基础理论研究。主要方向任务是：以危害严重的猪、禽传染病、动物寄生虫病、人畜共患病和兽用药物等为研究对象，开展病原生物学、分子流行病学、病原感染致病与免疫机制、诊断及防控技术等基础与应用基础研究；研制开发安全高效的新型动物疫苗、治疗药物和新制剂、快速简便的疫病诊断技术及制剂，为畜牧业健康发展和人类健康提供科技支撑。
建所以来获各项科研成果奖励61项，其中国家级2项；获得国家发明专利66项；获得国家新兽药证书10项；出版专著53部，发表论文1900余篇。“农业血防综合治理新技术”荣获寄生虫领域第一个国家科技进步奖；研制成功的抗锥虫新药“盐酸锥双净”获国家一类新兽药证书；抗球虫新药“地克珠利”原料药及预混剂共获得3项国家二类新兽药证书，并荣获国家科技进步三等奖；“球虫病免疫预防苗（dlv疫苗）”为国内第一个获新兽药证书的球虫病免疫预防疫苗。
研究所连续四届被卫生部、农业部、水利部授予全国血防先进集体称号，是历届上海市文明单位和中国农业科学院文明单位。研究所将继续追踪国际动物医学发展前沿，加强科技创新，不断增强综合实力，加快建成国内一流、国际知名的现代农业科研院所，为推动我国动物医学科技进步作出新的更大贡献。